入教后，羅文藻以傳道員身份，隨利安當(dāng)?shù)侥暇﹤鹘?。傳教受阻，未及一年即返回福州。曾赴臺(tái)灣傳教。崇禎十年，又隨方濟(jì)會(huì)神父赴北京傳教，因明廷查禁，又折回福州，曾一度被福州當(dāng)局收監(jiān)，獲釋后回福安，仍熱心教務(wù)，翌年被派到澳門(mén)傳教。

明崇禎六年（1633年），多明我會(huì)士黎玉范與方濟(jì)各會(huì)士利安當(dāng)來(lái)福安宣教。是年秋，羅文藻在利安當(dāng)帶領(lǐng)下“受洗”，歸入主的名下，并以“額我略”為圣名。之后，羅文藻隨利安當(dāng)?shù)侥暇﹤鹘?。因發(fā)生“禮儀之爭(zhēng)”，傳教受阻，未及一年即返回福州。據(jù)說(shuō)一度赴馬尼拉傳教。崇禎十年（1637年），又隨方濟(jì)各會(huì)神父赴北京傳教，在此羅文藻受到湯若望器重，湯有意讓他到朝鮮宣教。但因明廷查禁，羅曾一度被朝廷收押，獲釋后回福安，仍熱心從事傳教。不久，福建教會(huì)遭到打擊，羅文藻被迫到澳門(mén)宣教。

明崇禎十七年(1644年），羅文藻隨黎玉范前往菲律賓馬尼拉，向多明我會(huì)報(bào)告中國(guó)教務(wù)。并在多明我會(huì)主辦的圣多瑪斯學(xué)院半工半讀