1927年3月，為了恢復(fù)中共甘肅特別支部的工作，當(dāng)時在馮玉祥部隊工作的中共黨組織負(fù)責(zé)人劉伯堅、鄧小平推薦王孝錫以國民黨中央特派員的身份到蘭州開展工作。到達(dá)蘭州后，王孝錫首先整頓了國民黨甘肅省黨部，之后擔(dān)任青年部長，加強(qiáng)省黨部的進(jìn)步力量，并建立了中共蘭州特別支部，任組織委員。他還擔(dān)任了甘肅省督辦公署政治部主任、甘肅政治委員會會長及第二軍事政治學(xué)校政治處處長等職，卓有成效地開展工作。

大革命失敗后，王孝錫按照黨組織的要求，回到家鄉(xiāng)寧縣堅持斗爭。在他領(lǐng)導(dǎo)下，成立了中共彬（陜西彬縣）寧（甘肅寧縣）支部，王孝錫任支部書記。不久，又?jǐn)U大成立了中共太昌區(qū)委，下轄寧縣、長武、涇川三個支部。八七會議以后，他熱情贊揚八七會議后出現(xiàn)的革命形勢，并按照黨組織的要求，以行醫(yī)為掩護(hù)，深入陜甘交界的十多個縣的農(nóng)村進(jìn)行調(diào)查，分析當(dāng)?shù)剞r(nóng)村的階級狀況、政治地位及對革命的態(tài)度，并開始秘密籌劃、組織農(nóng)民進(jìn)行暴動，建立革命政權(quán)的斗爭。