嘉靖丙午年（公元1526年），蘇佑中進士，被任命為廣東道御史，平大同亂軍。后升為江西督學副使，又任山西參政，治理鴻門三關，不久，被提拔為大理少卿及右副都御史，再任刑部右侍郞，嘉靖十二年（1533），大同兵士苦于工役，發(fā)生兵變，殺總兵李瑾，明世宗派蘇佑為監(jiān)軍，平定叛軍，安撫兵士，在同遂安。此后，佑先后調任江西督學副使，山西參政（治雁門三關），大理少卿，右副都御史，刑部右侍郎，不久改任兵部侍郎，又以本職兼僉都御史，行宣大總督事。嘉靖癸丑年（公元1553年），蘇佑升為右都御史，不久，亂軍十萬，南入紫荊關。蘇佑疾馳前往，頂風冒雨，日夜兼行，在永安堡與敵交戰(zhàn)，五天內殺敵四百余人，敵軍逃去。此事奏告天子，皇帝下旨，舉國歡慶，祭告天地，通告邊防，提升蘇佑為兵部尚書，并封蘇佑之孫為錦衣正千戶。

當時，蘇佑在朝中威望極高，皇帝調他到朝中官。適逢總兵岳懋失事懼罪，誣告蘇佑不請兵餉，因而蘇佑被逮捕入獄，等查清事實，