1915年，林紹棠調(diào)任廣東討逆軍第二軍司令部參謀長，隨同李烈鈞、林虎等討袁驅(qū)龍(龍濟(jì)光)，兼任廣東陽江縣縣長等職，先后克復(fù)恩平、開平、陽江、湛江、高州、雷州等十余縣。1917年10月充任高雷鎮(zhèn)守使署參謀長及江門警察廳廳長，兼任粵軍總司令部五邑（廣東西江）辦事處參謀長，江門警察廳廳長等職。1922年3月任陳炯明派駐江門行營主任。同年6月，陳炯明背叛孫中山后，辭職赴香港隱居。1926年10月返回廣州，聘任國民革命軍第四軍廣州留守處高級(jí)參謀等職。1927年7月任南京中央陸軍軍官學(xué)校籌備處委員，協(xié)助主任陳銘樞辦理南京復(fù)校事宜。1928年初任南京中央陸軍軍官學(xué)校第七期考試委員會(huì)委員長。1930年初，任財(cái)政部淮皖鹽務(wù)緝私處主任。1931年12月任陸軍第19路軍第78師參謀長，1932年“一．二八”淞滬抗戰(zhàn)，林紹棠在最前線指揮三旅之眾，屢挫敵鋒?！捌咂摺笨箲?zhàn)，應(yīng)薛岳之召，在第九戰(zhàn)區(qū)長官司令部充機(jī)要室少將主