“教育獨(dú)立”作為一種思潮，萌發(fā)于“五四”之前，發(fā)展興盛于20世紀(jì)20年代。由于軍閥混戰(zhàn)，經(jīng)濟(jì)凋敝，北洋政府又不重視教育，國家預(yù)算中教育經(jīng)費(fèi)比例極低，如1920年前后國家預(yù)算中教育經(jīng)費(fèi)僅占1.2%左右。僅此有限的預(yù)算內(nèi)經(jīng)費(fèi)還常被侵占挪用，也不能如數(shù)到位，導(dǎo)致教育經(jīng)費(fèi)奇絀，教育事業(yè)陷于難以為繼的程度。

蔡元培一貫視教育為救國的基本途徑，推崇思想、學(xué)術(shù)自由，加之身為北京大學(xué)校長，對政府官僚掣肘、摧殘教育有深切的感受，因此是教育獨(dú)立的積極倡導(dǎo)和支持者，并從理論上加以引導(dǎo)。1922年3月，他在《新教育》上發(fā)表了《教育獨(dú)立議》一文，闡明教育獨(dú)立的基本觀點(diǎn)和方法，成為教育獨(dú)立思潮中的重要篇章。

蔡元培的教育思想是政黨與教育的對立表現(xiàn)為：

①教育要平衡發(fā)展人的個(gè)性和群性，政黨則不然，它要造成一種特殊的群性，為本黨服務(wù)，抹殺受教育者的個(gè)性。

②教育是求遠(yuǎn)效的，著眼于未來，其效果不可能在短期內(nèi)表現(xiàn)出來，所以講“百年樹人”。而政黨是求近功的，往往只考慮眼前的利益。

③在政黨政治背景下，政權(quán)在各黨派之間更迭，由政黨掌管教育，必然會影響教育方針政策的穩(wěn)定，影響教育的成效。所以他認(rèn)為教育要超脫各派政黨之外。

為實(shí)現(xiàn)教育的真正獨(dú)立，蔡元培設(shè)計(jì)了教育經(jīng)費(fèi)獨(dú)立、教育行政獨(dú)立、教育獨(dú)立于宗教的具體措施，其中關(guān)于教育行政獨(dú)立的方案是：分全國為若干個(gè)大學(xué)區(qū)，每區(qū)設(shè)立大學(xué)一所，區(qū)內(nèi)的高等專門教育，中、小學(xué)教育，社會教育，文化學(xué)術(shù)事宜均由該大學(xué)校組織辦理。大學(xué)的事務(wù)，由大學(xué)教授組成的教育委員會主持，校長由教育委員會選舉產(chǎn)生。各大學(xué)區(qū)大學(xué)的校長組成高等教育會議，處理各大學(xué)區(qū)間的事務(wù)。教育部只負(fù)責(zé)處理經(jīng)高等教育會議議決而與中央政府發(fā)生關(guān)系的事務(wù)，及教育統(tǒng)計(jì)報(bào)告等，不干涉各大學(xué)區(qū)事務(wù)，教育總長必經(jīng)高等教育會議認(rèn)可。這一設(shè)想成為南京國民政府初期實(shí)施“大學(xué)區(qū)制”的框架基礎(chǔ)。